Assurez vous d'avoir activé bukkit

Rendez-vous sur le site http://dev.bukkit.org/categories/ ou https://www.spigotmc.org/resources/ et vous trouverez des plugins triés par catégorie.
Ensuite vous n'aurez qu'à uploader le fichier .jar du plugin dans le dossier plugins de votre serveur en utilisant le file manager du panneau de contrôle ou par FTP.
Pour certains plugins il peut y avoir des instructions d'installation complémentaires, vous trouverez ces instructions sur la page où vous avez trouvé le plugin ou dans un fichier readme (lisez moi) lorsque vous téléchargez le plugin.

Attention, lorsque vous installez un plugin il est conseillé de vérifier qu'il soit à jour, la version de bukkit avec laquelle il est compatible est normalement indiquée sur la page de téléchargement du plugin.

Si après avoir installé un plugin le serveur ne démarre pas ou semble fonctionner de façon anormale (crashes, lags) désactivez le plugin (stoppez le serveur puis supprimez le fichier .jar du plugin dans le dossier Minecraft/plugins) et véirifez si le problème persiste.

Mise à jour des plugins :

Pour mettre à jour un plugin il faut généralement simplement uploader le nouveau fichier .jar par dessus l'ancien (le serveur doit être stoppé).