Bungeecord supporte les plugins, vous pouvez installer les plugins de proxy dans le dossier plugins de bungeecord:
http://www.spigotmc.org/resources/categories/bungee-proxy.3/
Voici également des plugins bukkit/spigot qui sont compatibles avec bungeecord (communiquent entre les serveurs):
http://www.spigotmc.org/resources/categories/bungee-bukkit.2/